Ele não inicia no Windows ou nem aparace na BIOS da motherboard???
Faz o seguinte teste é IDE? ou SATA ??
No caso de IDE verifique a posição do Jumpers se os 2 HDs estiverem setados como Primare Master um deles não vai aparecer na BIOS por conta do conflito de ID.
Ilustração Jumper configurado como Master
Caso precise de informações mais detalhadas consulte esse
artigo
Fique atento ao DVDROM ou CDROM que se for IDE vai interferir na posição dos Jumpers TBM
Caso seu HD seja Sata poste aqui o modelo do HD e de sua motherboard pra eu poder te ajudar melhor